С самого начала христианизации русских земель в IX–X вв. их церковная иерархия входила в структуры Константинопольского патриархата. Главой Русской церкви был митрополит Киевский, кандидатуру которого утверждал патриарх Константинопольский. До XIV в. митрополичью кафедру за редкими исключениями занимали греческие священнослужители.
Внутренние усобицы и монгольские нашествия привели во 2-й половине XIII в. к упадку Киева. В 1299 г. митрополит Максим перенес свою резиденцию в Северо-Восточную Русь, во Владимир, хотя и сохранил титул Киевского митрополита. Начиная с преемника Максима, митрополита Петра, предстоятели Русской церкви жили преимущественно в Москве, которая постепенно стала центром собирания русских земель.
Вхождение южнорусских земель в состав Великого княжества Литовского и Польши, а также переезд Киевских митрополитов на северо-восток привели к серии внутренних церковно-административных конфликтов. В середине XV в. сформировалась Западнорусская митрополия, глава которой носил титул митрополита Киевского и Галицкого. Жившие в Москве первоиерархи стали носить титул «митрополитов всея Руси». С 1448 г. они избирались собором русских епископов, без утверждения в Константинополе. Тем самым Русская церковь получила фактическую независимость (автокефалию), хотя и не закрепленную юридически.
После падения Византийской империи в 1453 г. и утверждения независимого от Константинополя статуса Московской митрополии Русская церковь стала наиболее влиятельной и многочисленной из поместных церквей. Что особенно важно — она находилась на территории последнего независимого государства, где православие было официальной религией. Начиная со времени Ивана Грозного московские государи принимали титул царей, представляя себя преемниками византийских императоров-кесарей. Росло понимание необходимости повысить и статус Русской церкви до патриархата.
Однако возведению Московской митрополии на степень патриаршества в то время мешали напряженные отношения с Константинопольской церковью. Ее предстоятели были обижены на Русь за односторонний переход к автокефалии и не желали официально ее признавать. В то же время без согласия Константинопольского и других восточных патриархов самостоятельное провозглашение русского митрополита патриархом было бы незаконным. Если царя на Москве можно было поставить самостоятельно, силой и авторитетом православной державы, то учреждать патриархат без предварительного решения этого вопроса первенствующими кафедрами было невозможно. Исторические обстоятельства сложились благоприятно для завершения программы автокефалии Русской церкви через установление патриаршества лишь к концу XVI в., в правление царя Федора Ивановича. Важную роль в переговорах по этому вопросу сыграл фактический правитель Руси того времени — брат царицы Ирины Борис Годунов, будущий царь.
Первый этап подготовки к учреждению патриаршества в Русской церкви был связан с приездом в Москву Антиохийского патриарха Иоакима в 1586 г. Это событие стало толчком к работе годуновских дипломатов в приобретении патриаршего достоинства для предстоятеля Русской церкви. Иоаким приехал сначала в Западную Русь, а оттуда направился за финансовой помощью в Москву. И если в Речи Посполитой патриарху пришлось быть свидетелем нового натиска католиков на православие и практически полного упадка церковной жизни Киевской митрополии, то в Москве его встретили с большим почетом и пышностью.
Главной целью Патриаршего визита был сбор пожертвований. На Антиохийской кафедре, как и на других православных церквях под османской властью, висел гигантский по тем временам долг — 8 тысяч золотых. Русских появление Иоакима в Москве весьма заинтересовало: впервые в истории восточный патриарх приехал в Москву. В сознании Годунова и его окружения этот беспрецедентный эпизод почти мгновенно и неожиданно вызвал к жизни проект, призванный реализовать на практике идею учреждения Московского патриархата.
В 1587 г. по инициативе Годунова на митрополичьей кафедре Дионисия, связанного с политическими противниками Бориса Федоровича, заменил лояльный Иов, ранее — архиепископ Ростовский.
Между тем Константинопольская церковь переживала период неурядиц и финансовых трудностей. Новый патриарх Иеремия II вскоре после избрания отправился в русские земли за деньгами.
11 июля 1588 г. он прибыл в Москву, где был встречен с большими почестями и размещен на Рязанском подворье. Через 5 дней Иеремию приняли царь Федор Иванович и царица Ирина. Они одарили греческого иерарха серебром, деньгами, соболями. Иеремия передал царю и царице привезенные в Москву святыни, в том числе часть мощей императора Константина. После торжественного приема состоялись переговоры Иеремии с Борисом Годуновым. Тут выяснилось, что Иеремия не готов обсуждать договоренности 1586 г. русского правительства с Антиохийским патриархом Иоакимом об учреждении Патриаршества на Руси и приехал только «ради милостыни на церковное строение». Константинопольский патриарх настаивал, что без соборного обсуждения он такой важный вопрос решать не может. Оказавшись фактически под домашним арестом на Рязанском подворье, Иеремия пошел на уступки, предложив Москве ограниченную автокефалию. При этом необходимо было поминать Константинопольского патриарха за богослужением и получать от него освященное миро. Но к этому времени Русская церковь и без того полтора века была фактически автокефальной.
Однако Иеремия продолжил поиски компромисса: он был готов сам, устав от бесконечных невзгод в Константинополе, остаться патриархом на Руси. Русская сторона предложила Иеремии в таком случае резиденцию во Владимире, в Москве при государе останется митрополит Иов. Иеремия соглашался стать русским патриархом только при условии размещения его в столице. Переговоры Годунова с Иеремией продолжались почти полгода. В середине января 1589 г. Иеремия дал обещание поставить на Руси патриарха из русских и благословить дальнейшее поставление патриарха на Руси собором русских архиереев; царь же должен был отпустить его в Константинополь.
17 января 1589 г. Федор Иванович созвал боярскую Думу вместе с церковным Собором: в Москву прибыли 3 архиепископа, 6 епископов, 5 архимандритов и 3 соборных монастырских старца. Царь объявил, что Иеремия не желает быть патриархом во Владимире. Федор Иванович решил просить у Иеремии благословения на поставление Иова в патриархи Москвы. В тот же день была собрана Дума с Освященным Собором, и государь обратился к Иову, испросив у митрополита мнение относительно учреждения патриаршества. Иов ответил, что он вместе со всеми архиереями и Освященным Собором «положили на волю благочестивого государя царя и великого князя».
23 января в Успенский собор прибыли патриарх Иеремия и члены Освященного Собора, за исключением митрополита Иова. В приделе в честь Похвалы Богородицы, традиционном месте избрания кандидатов в митрополиты, было совершено избрание трех кандидатов на патриаршество. Затем все участвовавшие в выборах архиереи во главе с Иеремией прибыли во дворец. Здесь константинопольский патриарх доложил царю о кандидатах, и Федор Иванович выбрал Иова. Только после этого избранного патриарха Московского призвали во дворец, и он впервые встретился с Иеремией. Здесь же, в царских палатах, состоялось наречение Иова в патриархи. В Успенском соборе Кремля Иеремия и нареченный патриарх Иов отслужили краткий молебен. Три дня спустя там же состоялась церемония поставления первого русского патриарха; Иеремия с сонмом архиереев совершил над Иовом полную архиерейскую хиротонию.
В первых числах февраля Иеремия несколько дней провел в Троице-Сергиевой лавре, с началом Великого поста вновь обратился с просьбой отпустить его в Константинополь, однако Годунов, ссылаясь на трудности пути зимой, уговорил его подождать еще некоторое время. Это было необходимо, чтобы подготовить для подписания Иеремией документ об учреждении Патриаршества в Москве — так называемую Уложенную грамоту. Характерной деталью этой грамоты, составленной в царской канцелярии, является упоминание о согласии всех восточных патриархов на учреждение в Москве патриаршества. В действительности на тот момент такое согласие еще не было получено.
Следующим этапом утверждения Московского патриарха должно было стать внесение его на достаточно высокое место в патриаршие диптихи — официальный перечень глав православных церквей. Русские претендовали на то, чтобы Московский патриарх поминался в диптихе третьим, после Константинопольского и Александрийского, перед Антиохийским и Иерусалимским патриархами. После подписания грамоты Иеремия, получив от царя щедрые подарки, уехал в мае 1589 г. из Москвы.
Выполняя обещания, данные в Москве, в мае 1590 г. он созвал в Константинополе собор, на котором рассказал об учреждении патриаршества в России. Собор признал это деяние и утвердил патриарший сан за предстоятелями Русской Церкви. Соборную грамоту в Москву привез в следующем году Тырновский митрополит Дионисий и 20 июня вручили царю. Под текстом приговора Собора восточных иерархов стоят 106 подписей (в том числе подписи трех патриархов, отсутствует подпись Александрийского первосвятителя, потому что Александрийская кафедра была тогда вакантной). Их современный графологический анализ показал, что по крайней мере 66 из подписей поддельные. Нет необходимости сомневаться в факте проведения патриархом Иеремией собора по поводу возведения Московской кафедры на степень патриаршей, однако нужно признать, что участников собора было значительно меньше, чем количество подписей под соборным приговором. Вероятно, Иеремия пошел на подлог в расчете на скорейшее получение милостыни из России и хотел создать более представительное впечатление о соборе, чем он был на самом деле.
В 1593 г. в Константинополе в присутствии московского посла Г. Афанасьева состоялся новый собор восточных иерархов, в котором участвовали патриархи Константинопольский, Александрийский (временно управлявший также Антиохийской кафедрой) и Иерусалимский. Собор, согласившись с возведением предстоятеля Русской церкви в патриарший сан, подтвердил пятое место Русской церкви в диптихе православных церквей.
